La pena di morte è prevista dalla Legge di Procedura...

La pena di morte è prevista dalla Legge di Procedura Penale e dal Codice Penale per 13 reati ma, in pratica, viene applicata solo per l'omicidio.
Il Governo mantiene il massimo riserbo sulle esecuzioni. I detenuti possono rimanere nel braccio della morte per decenni e di solito non sono informati sulla data della loro esecuzione fino al giorno dell'impiccagione. Poiché vengono avvertiti solo un'ora prima, non possono incontrare i parenti o presentare un appello finale. Familiari e avvocati sono generalmente informati dopo l'esecuzione, alla quale non possono assistere nemmeno gli avvocati.
Il governo si limita a dichiarare il numero di detenuti giustiziati, rifiutando perfino di rivelarne i nomi. Le esecuzioni, che il più delle volte hanno luogo d'estate e alla fine dell'anno, avvengono quando il Parlamento è in vacanza per evitare la discussione parlamentare.
La pena di morte è molto popolare in Giappone. La legge prevede che il Ministro della Giustizia debba firmare un ordine di esecuzione entro i 6 mesi dalla condanna a morte da parte del tribunale. Se il condannato ricorre in appello, chiede la ripetizione del processo o la grazia, il limite dei 6 mesi non si applica finché la procedura non è esaurita. Tuttavia, i Ministri della Giustizia evitano generalmente di firmare ordini di esecuzione prima dell'ultimo minuto utile, anche se non c'è alcuna richiesta di appello o di grazia. Per i detenuti nel braccio della morte il periodo precedente al cambio di Ministro della Giustizia è il più critico, perché è più probabile che gli ordini di esecuzione vengano emessi.
I detenuti sono rinchiusi in strette celle isolate e monitorati da telecamere 24 ore al giorno. Una piccola statua buddista in legno intagliato è posta in una stanzetta anteriore la camera della morte, dove i condannati possono pronunciare le loro ultime preghiere. La stanza delle esecuzioni è piena di tappeti color lilla e attrezzata di un gancio al soffitto al quale si attacca la fune. I detenuti, incappucciati e bendati, vengono messi sopra una botola che poi viene aperta all’improvviso su una fossa profonda quattro metri.
Nel luglio 2003, una proposta di legge sottoscritta da 122 parlamentari appartenenti a vari gruppi politici e volta all’abolizione della pena di morte, è stata bloccata prima ancora che raggiungesse il Parlamento. Il disegno di legge intendeva sospendere le impiccagioni in tre fasi: in una prima fase, un panel di discussione in entrambe le camere avrebbe dovuto valutare se la pena capitale andava mantenuta o meno; la seconda fase prevedeva la revisione del Codice di Procedura Penale al fine di introdurre una moratoria delle esecuzioni, anche se la pena di morte sarebbe rimasta nella Costituzione; la terza fase sarebbe stata l’introduzione dell’ergastolo senza possibilità di libertà sulla parola. Sempre nel luglio 2003, per la prima volta in trenta anni, il Ministero della Giustizia ha permesso a un gruppo di parlamentari di vedere una camera della morte, quella del Centro di Detenzione di Tokyo.
Il 1° ottobre 2003, il Consiglio d’Europa ha chiesto a Usa e Giappone di adottare rapidamente una moratoria sulle esecuzioni capitali. In un documento adottato a larga maggioranza, i parlamentari dell’organizzazione hanno dichiarato che l’applicazione della pena di morte “costituisce un atto di tortura e una pena disumana e degradante” e “una violazione grave dei diritti umani riconosciuti a livello universale”. 
Al 29 dicembre 2004, i detenuti nel braccio della morte erano 68.
Dal novembre 1989 al marzo 1993 vi è stata una sospensione di fatto delle esecuzioni, in parte dovuta alla personale contrarietà alla pena di morte dell'allora Ministro della Giustizia facente funzioni. Negli otto anni precedenti la sospensione, erano stati giustiziati 13 detenuti mentre 45 persone sono state uccise nel periodo compreso tra la ripresa delle esecuzioni nel 1993 e il 2005.
L’ultima esecuzione è stata effettuata il 15 settembre 2005 nei confronti di un uomo condannato per omicidio. Due esecuzioni erano state effettuate nel 2001, nel 2002 e nel 2004. Nel 2003 era stata effettuata una sola esecuzione.
Il Giappone ha votato contro la risoluzione per l’abolizione della pena di morte approvata dalla Commissione Onu per i Diritti Umani il 20 aprile 2005.