Il 6 giugno 2006, il Parlamento ha deciso l’abolizione definitiva della pena di morte.

Il 24 giugno 2006, la Presidente Gloria Macapagal-Arroyo ha firmato la legge che abolisce la pena di morte. Il 6 giugno il Senato aveva approvato il progetto di legge all'unanimità, dopo un più controverso passaggio alla Camera. La Presidente Arroyo, il 7 giugno, si è congratulata con il Congresso “per aver preso la decisione di abolire la pena di morte” rassicurando i cittadini che questa scelta “non è un segnale di debolezza nei confronti del crimine.”
La decisione era stata preceduta da importanti prese di posizione contro la pena di morte da parte della Presidente Arroyo. Il 22 febbraio 2006, per la prima volta da quando nel 2001 ha assunto la carica di Presidente delle Filippine, la Presidente Arroyo ha categoricamente dichiarato di essere favorevole all’abolizione della pena di morte e che si sarebbe attivata per la rapida approvazione di una legge in tal senso. Il 15 febbraio la Arroyo aveva ordinato al Dipartimento di Giustizia di commutare in ergastolo le condanne a morte di 280 detenuti.
Con un gesto clamoroso, il 15 aprile 2006, l’Arroyo ha commutato in ergastolo tutte le condanne a morte. L’annuncio è stato fatto nel messaggio pasquale che la Presidente ha rivolto alla Nazione. Nel messaggio, la Presidente ha detto che chiunque cada e commetta errori deve avere la possibilità di rialzarsi e riparare al male procurato. “Mentre celebriamo la resurrezione di Cristo – ha scritto la Arroyo - desidero annunciare la nostra decisione sulle persone che sono state condannate alla pena di morte. Commuteremo le loro condanne capitali in ergastolo.”
Si stimano in almeno 1280 le persone che hanno beneficiato del provvedimento.
La pena di morte era stata abolita dalla nuova Costituzione del 1987 che però conferiva al Parlamento l'opzione di reintrodurla per reati particolarmente gravi.
Preoccupato da un aumento della criminalità, il Parlamento l’ha reintrodotta nel 1994, prevedendola per 64 fattispecie di reato. Tra i reati capitali c’era l'appropriazione indebita di 50 milioni di pesos o più di fondi statali e su iniziativa della Presidente Arroyo, a partire dal 2002, erano stati ampliati i casi per cui la condanna a morte poteva essere comminata per reati di droga.
Nel corso degli anni, la Presidente, eletta nel 2001 e poi riconfermata nel 2004, ha tenuto un atteggiamento altalenante sulla questione.
Da un lato, su pressione della potente comunità cinese-filippina, oggetto di rapimenti, la Arroyo decideva nel dicembre 2003, di sospendere la moratoria, limitatamente ai casi di condannati per sequestro di persona. Dall’altro, per mantenere fede ai suoi principi aveva inaugurato quella che il suo portavoce Ignacio Bunye avrebbe definito una “moratoria caso per caso,” vale a dire la sospensione di volta in volta di tutte le esecuzioni fissate. La moratoria generalizzata veniva ripristinata nel novembre 2004 ma di nuovo sospesa il 22 febbraio 2005 per i sequestratori e i trafficanti di droga.
Senonchè il 28 ottobre 2005, l’Assemblea dei Vescovi Cattolici della Commissione Filippino-Episcopale sulle Prigioni e l’Assistenza Pastorale (CBCP-ECPPC) ha reiteranto la richiesta al governo di abolire la pena di morte chiedendo ai suoi fedeli di essere più compassionevoli nei riguardi dei loro fratelli in carcere.
Il 18 dicembre 2008 le Filippine hanno cosponsorizzato e votato in favore della risoluzione per una moratoria delle esecuzioni capitali all’Assemblea Generale delle Nazioni Unite.